Dado que la infección se presenta en el ámbito de actuación de múltiples especialidades, el Servicio de Microbiología mantiene una estrecha colaboración con todas ellas y en especial con aquellas con importante morbilidad infecciosa como Cuidados Intensivos, Neonatología, Hematología, Urgencias, etc. La creación de la Unidad de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas refuerza especialmente está colaboración.
El Servicio de Microbiología Clínica atiende en la actualidad los cuatro hospitales, Hospital General, Hospital Maternal, Hospital de Traumatología y Hospital Infantil, que integran el Hospital Universitario La Paz con sus servicios de urgencias y consultas externas, así como, el Hospital de Cantoblanco, El Hospital Carlos III, el Hospital de Emergencias Enfermera Isabel Zendal y los Centros de Especialidades y de Atención Primaria del Área.
Los trabajos que realiza el Servicio de Microbiología están en línea con su especialidad en sus actividades asistenciales, docentes y de investigación. El Servicio está dividido para su gestión y organización en unidades diagnósticas altamente especializadas atendidas por facultativos y personal sanitario que se dedican al diagnóstico del agente etiológico de la infección de un paciente y su control y tratamiento a partir de una muestra representativa. Se cuenta desde 2010 con una Unidad de Epidemiología para mejorar el control de la infección hospitalaria. Esta Unidad en 2012 centralizó todos los estudios de portadores y muestras ambientales del hospital.
