Infecciones respiratorias

  • Utilidad: Visualización de bacilos ácido-alcohol resistentes en muestras clínicas.

    La tinción de auramina/rodamina se realiza de forma rutinaria en todas las muestras clínicas enviadas para estudio de micobacterias a excepción de la orina y el LCR. 

    La tinción de Ziehl-Neelsen se realiza de forma urgente en muestras respiratorias ante la existencia de sospecha clínica de tuberculosis.

    Tiempo medio de respuesta: auramina/rodamina: 1-2 días. Ziehl-Neelsen: 1-2 horas

    Muestra: Líquido biológico

    Muestra: Absceso

    Muestra: Biopsia

    Muestra: Aspirado bronquial

    Muestra: Lavado broncoalveolar

    Muestra: Esputo

    Medio de transporte: envase seco y estéril.

    • Limitaciones del procedimiento:

    Las tinciones de ácido-alcohol resistencia no permiten discriminar las distintas especias del género Mycobacterium entre ellas.

    Por su escaso rendimiento, no se realizará la tinción sistemática de orina salvo excepciones. No se realizará bajo ninguna circunstancia tinción de LCR.

    Las muestras como orinas o jugos gástricos, deben interpretarse con precaución debido a la presencia de micobacterias saprofitas en éstas que podrían dar lugar a falsos positivos.

     

  • Utilidad: Detección, identificación y posterior antibiograma de especies de Mycobacterium. La identificación se realiza utilizando métodos moleculares (PCR con hibridación reversa o PCR  a tiempo real), espectrometría de masas de ionización por desorción láser asistida por matriz en tiempo de vuelo (MALDI-TOF) u otras técnicas: inmunocromatografía, velocidad de  crecimiento o cromogenecidad.

    Tiempo medio de respuesta: 7-56 días.

    Muestra: Líquido biológico 

    Muestra: Absceso

    Muestra: Biopsia

    Muestra: Aspirado bronquial

    Muestra: Lavado broncoalveolar

    Muestra: Esputo

    Muestra: Jugo gástrico

    Muestra: Orina

    Muestra: Sangre

    Medio de transporte: envase seco y estéril.

    • Limitaciones del procedimiento

    El cultivo de micobacterias no es apto para el diagnóstico de lepra, ya que Mycobacterium leprae es un organismo no cultivable. En caso de sospecha de lepra, el diagnóstico se realiza mediante tinción de Ziehl-Neelsen de la lesión en un contexto clínico compatible.

     

  • Utilidad: detección rápida del ADN del complejo Mycobacterium tuberculosis. Esta prueba no debe utilizarse para determinar la curación bacteriológica ni para controlar la respuesta a la terapia.

    Esta prueba no está destinada a la detección de la tuberculosis latente y no debe utilizarse como sustituto de las pruebas destinadas a la detección de la tuberculosis latente, como la prueba cutánea de la tuberculina (TST/PPD) o un ensayo de liberación de interferón gamma (IGRA).

    Tiempo medio de respuesta: 1-3 horas.

    Muestra: respiratorias (BAL, BAS, esputo) Medio de transporte: cultivo seco y estéril.

    Muestra: biopsia. Medio de transporte: cultivo seco y estéril.

  • Utilidad:

    Identificación visual de microorganismos en muestras clínicas. La tinción de Gram se realiza de forma rutinaria en toda muestra enviada al Servicio de Microbiología para cultivo convencional a excepción de las muestras superficiales, catéteres, muestras de orina y muestras de LCR de extracción distinta a la punción lumbar. En los dos últimos tipos, debe solicitarse expresamente.

    Tiempo medio de respuesta: 1-2 horas.

    Muestra: Líquido biológico

    Muestra: Absceso

    Muestra: Biopsia

    Muestra: Aspirado bronquial

    Muestra: Lavado broncoalveolar

    Muestra: Esputo

    Muestra: Orina

    Muestra: Exudado uretral, vaginal o endocervical

    Medio de transporte: envase seco y estéril con excepción del exudado uretral, vaginal o endocervical que es con torunda con medio de transporte en gel o torunda fina flexible (azul).

    • Limitaciones del procedimiento

    Algunos microorganismos no pueden ser visualizados en la tinción de Gram, bien por carecer de pared celular, bien por tener poca afinidad por los colorantes utilizados. Los principales microorganismos afectados por esta limitación son las bacterias de los géneros Mycoplasma, Ureaplasma o Mycobacterium.

    No se realiza tinción de Gram directa de hemocultivo recién extraído debido a su baja rentabilidad y alto riesgo de contaminación. 

     

  • Utilidad

    Diagnóstico de infecciones bacterianas en diversas muestras biológicas. El cultivo es el método diagnóstico de referencia para la mayoría de infecciones bacterianas. Permite realizar posteriormente estudios de sensibilidad a antibióticos, tipificación o cualquier otra técnica para la que se requieran aislamientos bacterianos puros.

    Los medios utilizados, condiciones y tiempos de incubación pueden variar en función del tipo de muestra y los microorganismos esperados. Se utilizan medios generales y selectivos, así como caldos de enriquecimiento en algunas situaciones. 

    Tiempo medio de respuesta: 3-7 días. En algunas circunstancias estos tiempos pueden prolongarse.

    Muestra: Líquido biológico

    Muestra: Absceso

    Muestra: Biopsia

    Muestra: Aspirado bronquial

    Muestra: Lavado broncoalveolar

    Muestra: Esputo

    Muestra: Exudado

    Muestra: Catéter

    Muestra: Orina

    Medio de transporte: envase seco y estéril.

    • LImitaciones del procedimiento

    El cultivo posee un bajo rendimiento en caso de administración previa de terapia antibiótica. Deben respetarse estrictamente las condiciones de conservación y transporte específicas de cada muestra para obtener resultados de calidad.

     

  • Utilidad: Detección y diagnóstico de Bordetella spp. El cultivo de Bordetella está en desuso por su baja sensibilidad, siendo el gold standard la amplificación genómica de Bordetella.

    Tiempo medio de respuesta: 2-7 días.

    Muestras: Exudado pernasal, aspirado o lavado nasofaríngeo.

    Medio de transporte: envase seco o torunda fina flexible con medio de transporte (azul).

  • Utilidad: detección de virus respiratorios (adenovirus, bocavirus, coronavirus humanos HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 y HCoV-HKU1, enterovirus (poliovirus, echovirus y cosackievirus sin diferenciar entre ellos), Influenza virus A, B y H1N1/2009, metapneumovirus, parainfluenza virus 1, 2, 3 y 4, rhinovirus y VRS) productores de infecciones respiratorias en pacientes ingresados.

    Tiempo medio de respuesta: 1-3 días.

    Muestra: Exudado nasofaríngeo.

    Medio de transporte: Torunda con medio de transporte para virus.

     

  • Utilidad: Detección de infección por el estreptococo del grupo A (S.pyogenes) en pacientes con signos y síntomas sugerentes de fiebre reumática o glomerulonefritis. Esta prueba no se utiliza para diagnosticar una infección aguda.

    Limitaciones de la prueba: Puede producir falsos positivos en pacientes con artritis reumatoide, espondilitis anquilosante, LES, esclerodermia difusa, psoriasis guttata, lepra lepromatosa, hipergammaglobulinemia, mieloma múltiple, hepatitis viral aguda… es importante seleccionar correctamente a los pacientes e interpretar los resultados en función del contexto clínico.

    Tiempo medio de respuesta: 2-3 días.

    Muestra: suero

    Medio de transporte: tubo de serología (rojo).

  • Utilidad: ayudar en el diagnóstico de infección aguda o pasada por Epstein Barr. Determinación de la exposición previa a Epstein Barr. 

    Tiempo medio de respuesta: 1-3 días.

    Muestra: suero

    Medio de transporte: tubo rojo de serología.

  • Utilidad: Ayudar en el diagnóstico de infección aguda o pasada por citomegalovirus (CMV),  en pacientes embarazadas o en personas inmunocomprometidas que tengan síntomas similares a los de la gripe o la mononucleosis que puedan ser sugestivos de una infección por CMV,  en las personas que vayan a recibir el trasplante de un órgano o en los pacientes donantes de órganos.

    Tiempo medio de respuesta: 1-4 días.

    Muestra: suero

    Medio de transporte: tubo rojo de serología.

  • Utilidad: Para diagnóstico rápido de confirmación de neumonía por Legionella pneumophila serogrupo 1 reciente o pasada y para el diagnóstico rápido de neumonía neumocócica.

    Tiempo medio de respuesta: 3-5 horas.

    Muestra: orina

    Medio de transporte: Envase seco y estéril o tubo de vacío 9 mL(amarillo/verde).

    • Limitaciones del procedimiento: 

    Cuando el paciente haya sido vacunado de neumococo, puesto que la antigenuria puede aparecer positiva en las 48 horas siguientes, por lo que se recomienda no realizarla en los 5 días posteriores.

  • Utilidad: A pesar de la baja sensibilidad del cultivo de hongos, sigue siendo la piedra angular para el diagnóstico correcto de las infecciones fúngicas tanto invasivas como no invasivas a nivel de género y especie así como su posible tratamiento. La recuperación de los patógenos fúngicos va a depender de una serie de factores, incluida la calidad de la muestra, la recolección y el transporte adecuados de la muestra y las condiciones y el tiempo de incubación óptimos.

    Tiempo medio de respuesta: 2 días-4 semanas dependiendo del tipo de muestra.

    Muestras: 

    -Orina. Medio de transporte: envase seco y esteríl.

    -Mucosas. Medio de transporte: torunda con medio de transporte gelificado.

    -Muestras respiratorias (esputo, BAS, BAL). Medio de transporte: envase seco y estéril.

    -LCR. Medio de transporte: envase seco y estéril.

    -Líquidos estériles. Medio de transporte: envase seco y estéril.

    -Tejidos, biopsias y líquidos purulentos. Medio de transporte: envase seco y estéril.

    -Sangre. Medio de transporte: hemocultivos.

    La piel, pelo y uñas se contactará con el servicio de Microbiología para la adecuada recogida e inoculación en los medios de cultivo adecuados.

     

  • Utilidad: Detección de genoma de P. jirovecii en muestras respiratorias de pacientes de alto riesgo mediante PCR a tiempo real.

    Tiempo medio de respuesta: 3 horas-2 días.

    Muestras: respiratorias. BAL (de elección), BAS, esputo.

    Medio de transporte: en recipientes estériles para muestras respiratorias.

     

  • Utilidad: para el diagnóstico precoz y el seguimiento de la aspergilosis invasora. Se puede realizar en suero (necesarios dos tubos de suero consecutivos), lavado broncoalveolar o LCR.

    Tiempo medio de respuesta: 2-3 días.

    Muestra: BAL Medio de transporte: Envase seco y estéril.

    Muestra: suero. Medio de transporte: tubo rojo de serología

    Muestra: LCR. Medio de transporte: envase seco y estéril.

  • Utilidad: El beta-D-glucano es un componente de la pared fúngica y no específico de especie. Puede emplearse en el diagnóstico de la candidiasis, de la aspergilosis y de otras enfermedades fúngicas invasoras. La técnica utilizada en el Servicio de Microbiología es un método cinético turbidimétrico (β-Glucan Test - FUJIFILM Wako Chemicals Europe GmbH) que tiene un punto de corte de 7 pg/mL.

    Limitaciones del procedimiento:

    En Cryptococcus spp., otros basidiomicetos y zigomicetos, este glucano parece que podría existir en cantidades muy bajas, lo que disminuiría la sensibilidad de la técnica y podría dar un falso negativo.

    Tiempo de respuesta: 1-2 días.

    Muestra: suero

    Medio de transporte: Tubo rojo de serología.

  • Utilidad: diagnóstico de Coxiella burnetii (fiebre Q), Mycoplasmoides pneumoniae (Mycoplasma pneumoniae) y Chlamydia spp (C.pneumoniae, C.psittaci y C.trachomatis)

    En el caso de Coxiella burnetii, se hace un screening con Ac IgG de Fase II, si estos son positivos se realiza una IFI y titulación de anticuerpos.

    Limitaciones al procedimiento: Los test serológicos para Chlamydia spp. son útiles para valorar las infecciones respiratorias (componente sistémico), pero NO son útiles para el estudio de ITS  o cuadros locales (oftalmológicos).

    Tiempo medio de respuesta: 1-3 días.

    Muestra: suero

    Medio de transporte: tubo rojo de serología.

  • Utilidad: Diagnóstico del virus SARS-CoV-2 productor de la enfermedad por coronavirus (COVID-19) mediante PCR a tiempo real.

    Tiempo medio de respuesta: 4-5 horas.

    Muestra: exudado nasofaríngeo (muestra de elección) o muestra respiratoria del tracto respiratorio inferior (esputo,BAS,BAL).

    Medio de transporte: medio de transporte para virus (exudado nasofaríngeo) o cultivo seco y estéril (muestra respiratoria).

  • Utilidad: diagnóstico rápido mediante PCR a tiempo real de virus Influenza A/B y VRS en pacientes que requieran ingreso hospitalario con síntomas respiratorios con el objetivo del aislamiento, el diagnóstico en el caso de presentaciones clínicas atípicas y para evitar otras pruebas diagnósticas o tratamientos antibióticos innecesarios.

    Tiempo medio de respuesta: 1-3 horas.

    Muestra: exudado nasofaríngeo.

    Medio de transporte: medio de transporte para virus.

  • PANEL DE NEUMONÍAS (BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel plus)

    Utilidad: Ayuda en el diagnóstico etiológico de neumonías. Analiza 18 bacterias (11 Gram negativas: Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, y Serratia marcescens, 4 Gram positivas:Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae y Streptococcus pyogenes. y 3 atípicas:Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae y Chlamydia pneumoniae.

    7 marcadores de resistencia a los antibióticos:ESBL: CTX-M, Carbapenemasas: KPC, NDM , Oxa48-like, VIM e IMP, Resistencia a la Meticilina: mecA/mecC and MREJ y 9 virus: Influenza A, Influenza B, Adenovirus, Coronavirus, Virus parainfluenza, Virus Respiratorio Sincitial (VRS), Rinovirus/Enterovirus humanos, Metapneumovirus humano y Coronavirus del Síndrome Respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV)* que causan neumonía y otras infecciones del tracto respiratorio inferior.

    Limitaciones de la prueba: 

    -no se puede utilizar como marcador de curación.

    -reservado a diagnóstico de pacientes graves con sospecha de neumonía y /o con cultivos negativos.

    -Se debe llamar al servicio de Microbiología y justificar adecuadamente la petición al adjunto responsable para poder procesarlo.

    Tiempo medio de respuesta: 2-4 horas.

    Muestra: muestras respiratorias.

    Medio de transporte: cultivo seco y estéril.

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