El Hospital Universitario Fundación Alcorcón, fue creado por Acuerdo de Consejo de Ministros de 22 de noviembre de 1996, por el que se autorizaba al Instituto Nacional de la Salud a la constitución del mismo, así como, se aprobaban sus Estatutos (acuerdo publicado en BOE de 6 de febrero de 1997).
El Hospital fue transferido a la Comunidad de Madrid junto con el resto de competencias sanitarias en virtud del Real Decreto 1.479/2001, de 27 de diciembre.
Los Estatutos del Hospital han sido modificados en diversas ocasiones, para ajustarlos a la normativa vigente, siendo la redacción actual aprobada la que figura al pie de esta información en el área de descargas. En el artículo 9 de los Estatutos se establece que el órgano de gobierno del Hospital es el Patronato y el órgano de dirección el Director Gerente. La composición del Patronato, bajo la presidencia del Consejero de Sanidad, queda recogida en el artículo 10 de los Estatutos.
El organigrama del hospital, sus recursos humanos, así como la actividad sanitaria, docente, formativa, administrativa e institucional del centro se publica anualmente en su Memoria de Actividad