El Servicio de Microbiología y Parasitología Clínica del Hospital Universitario La Paz se crea a finales de la década de 1960 para atender las necesidades de diagnóstico y tratamiento de infecciones bacterianas del Hospital Infantil como parte de la Ciudad Sanitaria La Paz. En 1974, el Servicio de Microbiología se hace cargo de las enfermedades infecciosas de todo el Complejo Sanitario.
Actualmente, se realizan estudios para diagnosticar la presencia de los agentes infecciosos productores de patología humana así como todos aquellos procedimientos relacionados directa o indirectamente, como son los estudios de actividad de sustancias antimicrobianas tanto del hospital como de su área de influencia, que revierten en los servicios peticionarios y Medicina Preventiva.