La Unidad de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (UMCEI) está formada por un equipo de cinco médicos de plantilla estructural, siendo una unidad interdisciplinar con tres facultativos pertenecientes al servicio de Medicina Interna y dos al Servicio de Microbiología. Además, tiene tres contratos de investigación: uno Río Hortega y dos intensificaciones monogrupo. Una de las facultativas es además coordinadora de la Unidad de Aislamiento de Alto Nivel (UAAN). Otra facultativa es la coordinadora de la Programa de Optimización de uso de los Antibióticos (PROA).