El Patronato de la Fundación Carlos de Amberes es el máximo órgano de gobierno y representación de esta fundación privada sin ánimo de lucro, encargado de dirigir y supervisar sus objetivos y actividades. Está integrado por personas que representan a diversas instituciones y cargos relevantes —incluyendo representantes de la Corona, diplomáticos y autoridades españolas y extranjeras— que ejercen su labor de forma desinteresada por el cumplimiento de los fines de la Fundación.