La atención sanitaria especializada se presta en el Hospital Universitario Príncipe de Asturias y en el Centro Integral de Diagnóstico y Tratamiento (CIDyT) "Francisco Díaz", el centro de especialidades médicas que depende del hospital.
El Hospital Universitario Príncipe de Asturias está ubicado en el Campus Universitario de la Universidad de Alcalá. El edificio consta de siete plantas con una superficie total construida de 81.930 m/2. La planta baja y la primera están dedicadas principalmente a las áreas de Urgencias, consultas, quirófanos y Servicios de Admisión, así como Dirección y Gestión. El resto de las plantas se dedica fundamentalmente a la hospitalización y consultas.
El Centro Integral de Diagnóstico y Tratamiento (CIDyT) Francisco Díaz está ubicado en Alcalá de Henares y desarrolla una destacada actividad asistencial de consultas y de pruebas diagnósticas, lo que permite incrementar la capacidad diagnóstica y terapéutica de cobertura del hospital.
En los accesos al recinto hospitalario existen paradas de autobús urbano e interurbano, y en el recinto del Campus Universitario existe una estación de Cercanías.