La historia del Hospital Psiquiátrico Santa Isabel de Leganés, actual Hospital Universitario José Germain, está ligada directamente con la historia de la psiquiatría moderna, cuyas etapas descritas por la antigua Laín Entralgo son las llamadas Romanticismo (1800-1848), Positivismo Naturalista (1814-1914) y Psiquiatría Científica Actual (1914-actualidad).
Durante estos periodos, el desarrollo de esta disciplina médica vino de la mano de distintos autores que plasmaron en sus obras los primeros hallazgos científicos sobre la etiología de las enfermedades mentales, acuñando la mayoría de los actuales términos, y las primeras referencias terapéuticas, incluido el internamiento.
En este sentido, Esquirol (1782-1840), discípulo de Pinel, consideró el asilo como el arma más poderosa contra la enfermedad mental, siendo autor de una Ley que obligaba la construcción de un asilo en cada departamento de Francia.
Durante los dos últimos siglos, el desarrollo científico relacionado con la psiquiatría iba acompañado de disposiciones normativas destinadas a promover el respeto, cuidado y tratamiento de los enfermos mentales, cuya atención recayó en la Beneficencia durante la Edad Media, en cuyos pequeños asilos religiosos se ofrecían cuidados materiales y asistencia espiritual.
En España, de manera progresiva se fue reduciendo la protección feudal y eclesiástica, comenzando a tomar cuerpo la beneficencia pública que a diferencia de la caridad, no estaba determinada por la Iglesia o por ciudadanos con medios económicos, pasando a depender directamente de los ayuntamientos.
Aunque a finales del siglo XVIII se establecieron diversas normativas respecto a la asistencia al necesitado por parte de las llamadas Juntas de Caridad, no fue hasta la Constitución de 1813 cuando realmente se estableciera el primer mandato imperativo que dio lugar a distintas leyes promulgadas años después para regular las Juntas Municipales de Beneficencia.
Tras la muerte de Fernando VII, el Real Decreto de 8 de septiembre de 1836, suscrito por la Reina gobernadora Doña María Cristina de Borbón, madre y tutora de Doña Isabel II, restableció la Beneficencia con algunos cambios sustanciales mediante numerosas disposiciones que fueron los preliminares de la Ley 20 de junio de 1849. A través de estas Leyes se organizó nuevamente la Beneficencia y se creó la Junta General del Reino, volviendo a clasificar los establecimientos destinados a satisfacer necesidades permanentes que reclamaban una atención especial, las casas de locos, las de sordo-mudos, ciegos, impedidos y decrépitos, fijando en 6 el número de hospitales de dementes que se habían de crear en todo el reino.
Creada la Junta General de Beneficencia y presidida por primera vez por el Duque de Riansares, esposo de la Reina madre, se hizo cargo del Hospital General de Madrid, y pronto se averiguó que el departamento para enfermedades nerviosas se encontraba en condiciones muy desfavorables, dando la instrucción de no arreglar ni ampliar, sino que el Hospital de Dementes debía estar separado de cualquier establecimiento sanitario. A la vez, se constituyó la Junta Provincial de Beneficencia en Madrid que encargó a un célebre médico la búsqueda de edificios o terrenos para fundar un pequeño manicomio para medio centenar de dementes albergados en el Hospital General.