El Hospital Universitario esta organizado en torno a la Dirección Gerencia, de la que dependen otras 5 Direcciones:
- Dirección Gerencia. Dr. Modoaldo Garrido Martín
- Dirección Asistencial. Dr. Virgilio Castilla Castellano
- Dirección de Continuidad Asistencial. Dra. Aurora Fabero Jiménez
- Dirección de Enfermería. D. Manuel Ibáñez Pardo
- Dirección Económica Financiera. D. Juan Carlos Alonso Punter
- Dirección de Recursos Humanos. Dª. Concepción Belén Omañas Gómez