El Hospital Puerta de Hierro fue pionero en la implantación de los programas de trasplante tanto de órgano sólido como de progenitores hematopoyéticos, por tanto una de las líneas principales de trabajo del Servicio de Microbiología es, la valoración de donantes y el diagnóstico de las complicaciones infecciosas en pacientes inmunodeprimidos, especialmente las producidas por bacterias oportunistas emergentes, hongos y virus.
Otra línea de trabajo es la infección nosocomial, en especial la identificación de bacterias multirresistentes y sus mecanismos de resistencia.
El Servicio participa activamente en el control y política de antibióticos en el hospital, desarrollando junto con la Sección de enfermedades Infecciosas proyectos de control de uso de antimicrobianos y antifúngicos.
Consideramos muy importante el diagnóstico de las infecciones importadas, especialmente las producidas por parásitos, realizando una labor de asesoramiento e implementación de las nuevas técnicas de diagnóstico en este campo.
El Servicio colabora con el Servicio de Gastroenterología en el diagnóstico y control del tratamiento de las infecciones por virus B y C de la hepatitis.
Otra línea de trabajo es la que se lleva a cabo a nivel comunitario, colaborando con los médicos de familia y pediatras de atención primaria.