Los 12.826,29 m² operativos con que cuenta en total el Centro de Valdebernardo se dividen en cuatro plantas y un sótano donde se localizan usos complementarios al principal.
En la planta baja se sitúa el acceso principal a donantes y trabajadores, el salón de actos donde se celebran simposios, reuniones y jornadas formativas y la cafetería.
Esta zona incluye también el Banco de Sangre de Cordón, recepción y salas de control.
En la parte central se sitúa el área de Donantes donde se realiza la extracción de sangre de los donantes que acuden directamente al Centro. Cuenta para ello con cinco camillas para la donación convencional de sangre y seis para la donación por aféresis, aparte de los distintos box donde se entrevista al donante y una sala con avituallamiento para después de la donación.
Más allá de la zona de donantes, siguiendo un pasillo lateral al vestíbulo central, se encuentra también el área de fraccionamiento, que es donde se produce la preparación de la sangre, procedente de las donaciones de toda la Comunidad, las que se realizan en el propio centro, en los puntos de donación fijos de los hospitales y las donaciones externas que se recogen en las unidades móviles.
Además, se localizan en esta planta un Laboratorio de Calidad y un Laboratorio de Criopreservación de distintos componentes de la sangre, fundamentalmente hematíes que poseen un fenotipo raro. También se congelan unidades de plaquetas para casos de donaciones dirigidas, antólogas o para stock.