Los primeros datos se encuentran en el Neolítico (10.000 años a. C.) con yacimientos en ambas márgenes del Henares.
Los romanos construyen en el S. II a C. en el Cerro del Viso su primera ciudad y en el S. I d. C. se edifica Complutum, durante ese periodo, en el año 304, sufren martirio los Santos Niños Justo y Pastor que son enterrados en la capilla en torno a la cual se trasladaría posteriormente el asentamiento poblacional en el actual Casco Histórico.
Los visigodos también dejaron su huella en Alcalá en forma de numerosas necrópolis entre los S. VII y IX.
La fortaleza de Alcalá la Vieja se construye en el S. X en la margen izquierda del Henares y en su entorno surge la ciudad árabe, conquistada por el Arzobispo Bernardo en el S. XII, manteniéndose habitada hasta el S. XV, mientras el burgo generado en torno a la capilla de Justo y Pastor crece a costa del Fuero Viejo.
La edificación del Palacio Arzobispal iniciada por el Arzobispo Jiménez de Rada en el S. XIII se prolonga hasta el S. XVI. La ciudad consolida la estructura urbana medieval con el asentamiento cristiano al sur del recinto arzobispal y la Iglesia, el judío a lo largo de la Calle Mayor de soportales, y el árabe al norte de éste. Durante el S. XIV el Arzobispo Tenorio inicia la sustitución de los pies derechos de madera de la Calle Mayor por columnas de piedra.
En el último cuarto del S. XV Alcalá se convierte en lugar de paso y estancia de reyes castellanos y grandes personajes. En el Palacio Arzobispal nace la Infanta Catalina, hija de los Reyes Católicos y luego Reina de Inglaterra. La Reina Isabel continúa por algún tiempo en Alcalá y recibe a Cristóbal Colón en 1486 para financiar su primer viaje al Nuevo Mundo.
El esplendor comercial de los S. XII al S. XV desapareció en 1492 con el Edicto de expulsión de los judíos.
El Cardenal Cisneros dejó una huella imborrable en la ciudad. Sobre un primer colegio llamado de S. Ildefonso, se fundó la Universidad, germen de una nueva ciudad ampliación de la medieval, que pasó a convertirse en foco investigador de primera magnitud entrando en el concierto de ciudades universitarias de rango universal como Bolonia, Oxford, París o Salamanca. En ella estudiaron grandes personajes de la realeza y la cultura española, como el Príncipe Carlos, Juan de Austria, Alejandro Farnesio, Calderón, Tirso de Molina, Lope de Vega y S. Ignacio de Loyola.
La vida gira en gran medida en torno a la Universidad. Abundan los Colegios Menores, de los que en el S. XVI se tienen noticias de más de 25. Muy ligadas a la educación, las instituciones eclesiásticas son también abundantes. Tenemos noticia de 8 Conventos y Monasterios. Muchos de ellos son a la vez Colegios Universitarios.
La intensa actividad cultural de la ciudad atrajo a Antonio de Nebrija, publicación de la Biblia Políglota, al arquitecto Rodrigo Gil de Hontañón, fachada de la Universidad 1543, al arquitecto Covarrubias y al escultor Alonso de Berruguete que trabajaron en el Palacio Arzobispal. También se promovió la construcción de otras edificaciones como el Hospital de Antezana en 1483 y el Corral de Comedias en 1601.
Cisneros convirtió la villa en una ciudad de corte moderno, empedrando calles enteras y trazando la primera red de alcantarillado, también dio el nuevo Fuero a la villa en 1509 y reconstruyó la Iglesia de S. Justo incoando para ella el título de Magistral.
En 1547 fue bautizado Miguel de Cervantes en la Parroquia de Santa María la Mayor.
A partir de mediados del S. XVII comienza a declinar el número de estudiantes en Alcalá a favor de la capital, iniciándose un lento declive que culmina con la marcha de la Universidad a Madrid en 1836.
Con la desamortización de Mendizábal, la Universidad, los Colegios y la Magistral pasó a manos de un conjunto de vecinos amantes del patrimonio; la “Sociedad de Condueños” y al Ejército, que lograron salvar de su destrucción a los grandes edificios del pasado.
Durante el S. XIX y hasta más allá de la primera mitad del S. XX, Alcalá pasa a convertirse en una ciudad muy diferente de la de su época de esplendor universitario, predominando las actividades cuartelarias, carcelarias y conventuales.
El desarrollismo urbano producido por la fuerte inmigración industrial de los años 60 y 70 dispara la población que se multiplica por seis. El urbanismo desprogramado y especulativo viene a detenerse en el Casco Histórico gracias a su declaración como Conjunto Histórico en 1968, el mismo año en que se inaugura la Casa de la Entrevista en recuerdo del Salón de Concilios en el que se dio audiencia a Cristóbal Colón.
También comienzan las reivindicaciones para recuperar la Universidad que en Madrid desde 1970 pasó a llamarse Complutense, arrebatando el propio gentilicio romano de Alcalá. En 1974 se abre la matricula en la Facultad de Económicas como un Campus de la de Madrid.
Por fin en 1977 se crea la Universidad de Alcalá. La década de 1980 asiste a la recuperación de Alcalá de Henares, propiciada por la propia recuperación universitaria y al fondo de la crisis industrial sobre la que se había venido sustentando el rápido crecimiento de la Ciudad. En 1985 se firma el “Convenio Interdepartamental”, cuya base es la reutilización de los edificios militares para actividades universitarias.
El proceso de rehabilitación física y funcional del Casco Histórico que con ello se inicia, ha merecido el reconocimiento internacional culminado en 1998 con la declaración por parte de la UNESCO como Ciudad Patrimonio de la Humanidad.
