1999 – Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica al profesor Enrique Moreno, jefe de Servicio de Cirugía General y Trasplante de Órganos Abdominales del Hospital 12 de Octubre.
2000 - Premio Investigación Reina Sofía 2000 por la prevención de las deficiencias al Hospital 12 de Octubre.
2002 – Premio a las mejores 100 ideas de la década para el Grupo de Medicina Basada en la Evidencia del Hospital 12 de Octubre.
2012 - Premio Medical Economics como mejor hospital público español al 12 de Octubre por la gestión e innovación.
2012 - Premio SEMER 2012 otorgado por la Sociedad Española de Médicos de Residencias al Servicio de Urgencias por la atención del paciente anciano.
2013 - Premio de la Asociación Española de Enfermedades Raras y Asociación Castellano-Manchega de Errores Innatos del Metabolismo a la Unidad de Enfermedades Mitocondriales y Metabólicas Hereditarias de la Unidad Pediátrica de Enfermedades Raras del Hospital Universitario 12 de Octubre de Madrid.
2015 - Premio ABC Salud para el Hospital 12 de Octubre en la categoría de mejor Hospital Público del país.
2016 - Premio a Tu Salud del diario La Razón al Instituto de Investigación del Hospital Universitario 12 de Octubre i+12.
2016 – Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Hematología y Hemoterapia.
2017 - Premio TOP 20 al Hospital 12 de Octubre por su nuevo sistema de codificación clínica.
2017 - Premio BEST IN CLASS –BIC- al programa de Esquizofrenia.
2018 - Premio de excelencia al 12 de Octubre por la gestión de gases medicinales. Otorgado por la empresa Air Liquide.
2018 – Premio TOP 20 a la mejor gestión al Hospital 12 de Octubre.
2018 - Neurología Infantil del 12 de Octubre, premio a las Mejores Ideas de Diario Médico.
2018 – Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Hematología y Hemoterapia en Mieloma Múltiple.
2018 - Premio BEST IN CLASS –BIC- a Investigación en Oncología.
2019 - Premio Albert Jovell a la Terapia asistida con perros en la UCI Pediátrica.
2019 – Premio CSD-BEACTIVE del Consejo Superior de Deportes al Hospital 12 de octubre por promocionar hábitos de vida saludables.
2019 – Premio BEST IN CLASS –BIC- al programa de Esclerosis Múltiple.
2019 – Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Hematología y Hemoterapia en Linfoma
2019 – Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Hematología y Hemoterapia en Mieloma Múltiple
2019 - Premio BEST IN CLASS –BIC- a Investigación en Oncología.
2019 - Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Neurología.
2020 - Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Hematología y Hemoterapia.
2020 - Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Psiquiatría.
2020 - Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Hematología y Hemoterapia en Linfoma
2020 – Premio BEST IN CLASS –BIC- al Servicio de Hematología y Hemoterapia en Mieloma Múltiple
2021 – Premio TOP 20 a la mejor Gestión Hospitalaria Global.
2021 - Premio Barea al Hospital 12 de Octubre por su trabajo con los centros sociosanitarios durante la pandemia por la COVID-19.
2021 - Premio Nacional de Informática de la Salud 2021.
2022 - Premio Novartis-IESE por el Programa Transversal de Insuficiencia Cardiaca al Hospital 12 de Octubre.
2022 - Premio TOP 20 a la mejor Gestión Hospitalaria Global al Hospital 12 de Octubre por segundo año consecutivo.
2022 – Premio a la Excelencia en Gestión Sanitaria de NOVARTIS-IESE al Programa Transversal de Insuficiencia Cardiaca del Hospital 12 de Octubre.
2022 – Premio Tecnología Humanitaria de Cruz Roja en el Mobile World Congress a la app de prevención del suicidio del Servicio de Psiquiatría del Hospital 12 de Octubre.
2022 - Premio BEST IN CLASS al mejor servicio en atención al paciente para PSIQUIATRÍA Y SALUD MENTAL. al paciente PSIQUIATRÍA Y SALUD MENTAL
2023 - Premio A tu Salud al Hospital por su 50 aniversario.
2023 – Premio New Medical Economics como Mejor Hospital Público del país al Hospital 12 de Octubre.
2023 – Premio del Monitor Empresarial de Reputación Corporativa (MERCO) y el Observatorio de Salud al Hospital 12 de Octubre como mejor hospital público por sus excelentes indicadores en calidad asistencial, investigación y docencia.
2023 – Premio al Hospital 12 de Octubre por su Estrategia 2020-2024 Transforma 12 de la Fundación Tecnología y Salud de la Federación Española de Empresas de Tecnología Sanitaria (FENIN).
2023 - XXIX Premios Ciudadanos al Hospital 12 de Octubre por su 50 aniversario.
2023 - Premio BEST IN CLASS –BIC- a la mejor Unidad de Investigación en ONCOLOGÍA del Hospital Universitario 12 de Octubre. te PSIQUIATRÍA Y SALUD MENTAL
2024 - Premio Nacional de Informática de la Salud 2021, por segunda vez en tres años.
2024 - Premio Información, Comunicación y Difusión de la Real Academia Nacional de Medicina de España al Área de Cultura y Ciencia del Hospital 12 de Octubre.