El Servicio de Microbiología del Ramón y Cajal recibe un galardón europeo
VAL FERNÁNDEZ, FÍSICO BIOINFORMÁTICO
Val Fernández Lanza, físico bioinformático del Servicio de Microbiología del Hospital Ramón y Cajal, es uno de los 15 investigadores europeos galardonados con el Research Grant Award otorgado por la European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases en la convocatoria 2015- 2016. El diploma ha sido entregado en el congreso anual de la sociedad, celebrado en Amsterdam, y al que asistieron más de 11.000 especialistas.
El proyecto presentado lleva por título: Decrypting the nosocomial resistome using metagenomic targeted capture platforms: towards metagenomic epidemiology in PublicHealth, que consiste en la adaptación de las plataformas de captura génica utilizadas para en el análisis de exomas y diagnóstico de alteraciones genéticas humanas, aplicadas ahora al análisis de metagenomas bacterianos. La primera versión de la plataforma está centrada en el análisis de genes de resistencia a agentes antimicrobianos y los elementos genéticos móviles implicados en la transmisión intercelular de caracteres adaptativos que favorecen también la colonización y la invasividad de las bacterias oportunistas de importancia biomédica.
Durante el proyecto se desarrollarán nuevas versiones de la plataforma de captura para la caracterización de comunidades microbianas con el objetivo de identificar biomarcadores de carácter pronóstico y diagnóstico rápido de diferentes enfermedades infecciosas. El proyecto está dotado con una ayuda económica de 20.000 euros y el apoyo de la ESCMID para la difusión de los hallazgos a entidades europeas en salud coordinadas por el European Centre for Diseases and Control. –ECDC- El desarrollo de la tecnología cuenta con el apoyo expreso de la sede central de Roche NimbleGene en Estados Unidos.
Campo de la programación informática y la biología computacional
Val Fernández Lanza, licenciado en Físicas y doctor en Biología por la Universidad de Cantabria, desarrolla su actividad en el grupo de investigación dentro del Área de Biología y Evolución de Microorganismos de la Dra. Teresa M. Coque y el Dr. Fernando Baquero, con el Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Ramón y Cajal, la Unidad Asociada al Consejo Superior de Investigaciones Científicas –CNB-CSIC- para el estudio de la Resistencia a Antibióticos y Virulencia Bacteriana y al consorcio CIBERESP.
La labor profesional de Lanza se centra en el campo de la programación informática y la biología computacional aplicada a todas las áreas de Salud Pública, particularmente a los efectos de los microorganismos en Biomedicina, Medicina de Precisión, Veterinaria, Seguridad Alimentaria y Biotecnología. Lanza es inventor de dos herramientas que han facilitado por primera vez el análisis de genoma accesorio de las bacterias utilizando técnicas de secuenciación de segunda generación. Dichas herramientas, PLACNET y AccNET son accesibles de forma gratuita.
Plataformas de captura en el diagnóstico de enfermedades infecciosas
Las plataformas de captura génica constituyen la alternativa más eficiente y rentable para el análisis de un gran número de genes ortólogos en cohortes de numerosas muestras. Estas metodologías son utilizadas fundamentalmente en el diagnóstico de enfermedades genéticas humanas. La nueva generación de plataformas en solución ofrece mejoras técnicas significativas a las plataformas clásicas y enormes posibilidades diagnósticas.
El grupo de Microbiología del IRYCIS ha adaptado por primera vez esta metodología al análisis de comunidades microbianas y trabaja en potenciales aplicaciones que van desde estudios metagenómicos a análisis de las interacciones huésped–microorganismo, caracterización de poblaciones microbianas de diferentes patógenos. ResCapv01 es la primera plataforma de captura aplicada a la caracterización de metagenomas -resistomas-. Ha sido diseñada y desarrollada por el grupo de los investigadores, Lanza, Coque y Baquero.